1、三七：主产于文山州，红河、玉溪、曲靖、大理、楚雄、昆明等地、州、市亦有栽培。历史悠久，品质优良，驰名国内外。本省年产量占中国的70％以上。

2、砂仁：主产于西双版纳；德宏、文山、红河、临沧等地、州亦有栽培。本省年产量占中国60%左右。居首位。

3、当归：主产于丽江、中甸、德钦、兰坪、维西、鹤庆、剑川等县。商品习称云归，以个大、结实、味浓、油性足而著称。多供出口。

4、云木香：地道药材。主产于丽江、迪庆、大理、保山、怒江等地、州；楚雄、曲靖、昭通等地、州亦有种植，商品根条均匀、质坚、体重、油润、味香浓、不空心。本省年收购量居中国一、二位。

5、黄连：主要分布怒江州及腾冲县；维西、云龙、剑川等县有少量栽培，具有坚实、色黄、味苦、内有菊花心等特点。

6、茯苓：又称“云苓”。野生分布于丽江、维西、中甸、福贡、云龙、剑川、腾冲、禄劝、武定、富民、宣威等县。家种主产于楚雄州、昆明市和曲靖地区；维西、丽江亦有种植。商品体重、坚实、个大、圆滑、不破裂、剖面色白、细腻。供应中国和出口。

7、天麻：主产于镇雄、大关、威信、永善、丽江、维西、云龙、福贡、贡山等县。商品个大坚实、色泽黄白明亮，习称“明天麻”。

8、石斛：分布于文山、思茅、西双版纳、德宏、红河、临沧、曲靖等地、州。本省年收购量占中国50％左右，居第一位。

9、儿茶：主产于西双版纳。儿茶素含量40~50％。

10、诃子：分布于保山、临沧、德宏等地、州。产品质坚、体重、肉厚。本省年收购量占中国80％左右。

11、胡黄连：分布于德钦、维西、中甸、贡山等县，野生变家种已取得初步成功。

12、半夏：野生资源较多，主要分布于昭通、曲靖、昆明、文山等地、川、市。商品个圆似珠、色白、质坚、粉质细腻、味辛辣。

13、秦艽：分布于丽江、大理、迪庆、怒江等地、州。商品根条粗长、肉厚结实、色，质地优良。

14、猪苓：分布于维西、丽江、宁蒗、洱源、剑川、云龙、兰坪、贡山、镇雄等县。商品个大质坚、皮黑肉白。

15、穿山甲：分布于海拔2,500米以下的热带、亚热带、温带地区。甲片片大、有光泽、无腥气、不带肉油。

16、荜茇：分布于盈江、瑞丽、潞西、陇川、梁河等县及思茅、西双版纳、临沧、怒江等地、州。商品果穗肥大、质坚、饱满、黑褐色、断面稍红。本省年收购量占中国70％以上。

17、麝香：分布于迪庆、丽江、怒江、大理、楚雄、保山、曲靖、昭通等地、州。

18、草果：主产于红河、文山、思茅、玉溪、西双版纳、临沧等地、州。商品个大、饱满、质硬、表面红棕色、内色白、香气浓、味辛辣。

19、冬虫夏草：分布于丽江、中甸、德钦、贡山等县。商品以身干、丰满肥壮、断面色白、菌座短小、无黑粗皮著称。

20、何首乌：分布于玉溪、红河、文山、楚雄、昆明、昭通等地、州、市。商品个大质坚、显粉性、外表黑褐、内色黄白或红棕色、有云朵纹。

21、龙胆：分布于保山、文山、大理、楚雄、昭通、曲靖、临沧等地、州。商品根条粗肥、色黄明亮、味极苦。

云南素有“动植物王国”之称。据调查统计，全省有药用植物4,758种，药用动物260种，矿物药32种，共计5,050种。云南省自然条件具有明显的立体型特征，动、植物垂直差异十分明显。因此，全省药材资源分为高寒层、中暖层、低热层三个层次。由于东西热量条件和寒潮入侵强度不同，各层东西海拔指针有一定差异。以北部南华的大百草岭~中部景东~南部金平以东的哀牢山脉为界。分为东西两部分。 高寒层：西部2,500米以上，东部2,300米以上，占全省总面积的18.4％，以滇西北最为集中，滇东北次之，其它地区零星分布。气候相当于寒温带至温带。药材资源十分丰富。主要的野生品种有麝香、鹿茸、熊胆、豹骨、猴骨、灵猫香、冬虫夏草、川贝母、胡黄莲、秦艽、珠子参、雪上一枝蒿、羌活、三尖杉、羺本、山慈菇、大黄、法罗海、三分三等。家种品种主要有云木香、当归、天麻等，为全省生产基地。

中暖层：西部海拔1,500~2,800米，东部1,300~2,300米，占全省总面积的54％，以滇中、滇西南最为集中。气候相当于中亚热带至温带，光照充足，气温温和。降雨适中，土地肥沃，是云南药材主产区。家种药材主要有茯苓、三七、党参、红花、附子、白术、山药、川芎、川牛膝、百合、泽泻、木瓜、枳壳、乌梅等。野生药材主要有龙胆、黄芩、半夏、天南星、草乌、猪苓、杜仲、防风、何首乌、茯苓、金银花、香附、天冬、贯众、黄精、玉竹、鸡血藤、前胡、红芽大戟、百部、柴胡、仙茅等。

低热层：西部1,500米以下，东部1,300米以下。主要分布在南部边缘一带，与越南、老挝、缅甸接壤。另外，金沙江、元江、怒江、澜沧江、南盘江等河谷地带亦有分布。面积占全省总面积的27.6％，气候属于南亚热带和北亚热带，除元江河谷外。降水较充沛，土地肥沃。热带动植物资源丰富，为南药生产基地。主要家种品种有砂仁、肉桂、草果、白豆蔻、槟榔、苏木、儿茶、胡椒、檀香及吴茱萸、蔓荆子、木蝴蝶等。野生品种主要有红豆蔻、草豆蔻、诃子、板蓝根、狗脊、骨碎补、荜茇、马槟榔、龙血树、芦荟、千年健、大风子、乌药、紫胶、琥珀等。动物药材有蛤蚧、蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇、穿山甲等。